Die DSL ist die älteste deutsche Schule der Iberischen Halbinsel und die drittälteste aller deutschen Auslandsschulen. Sie wurde 1848 von einem evangelischen Pfarrer der deutschen Gemeinde in Lissabon ins Leben gerufen, der damit dem allmählichen Verschwinden der deutschen Sprache aus der Gemeinde entgegentrat.

Der Unterricht begann am 1. August 1848 mit nur sechs Kindern, die der aus Deutschland entsandte Lehrer Anton Hermann Röder, unterrichtete.

Zunächst richtete sich die Schule an deutsche Schüler beider großen Konfessionen, aus Gründen der Kostendeckung aber warb man sehr schnell auch um portugiesische Schüler. Ab dem Jahr 1895 unterstand die Schule nicht mehr der evangelischen Gemeinde. Die Direktion der Schule übernahm an Stelle des jeweiligen evangelischen Pfarrers ein aus Deutschland entsandter Philologe.

Von den Auswirkungen der beiden Weltkriege blieb die Schule nicht unberührt. 1916, als sich Portugal auf die Seite der Entente Mächte stellte, wurde die Schule zwangsgeschlossen und die in Portugal weilenden Deutschen mussten umgehend das Land verlassen.

Nach ihrer Wiedereröffnung im Jahre 1922 war das Bild der Schule von modernen Lehrmethoden und jungen Lehrkräfte, die ihre Ausbildung in der ersten deutschen Demokratie erfahren hatten, geprägt. Mit der Kapitulation Deutschlands am Ende des Zweiten Weltkriegs endete der Schulbetrieb der Deutschen Schule Lissabon.

Am 20. Oktober 1952 wurde die DSL mit 151 Schülern, von denen 96 nicht-deutscher Nationalität waren, erneut eröffnet. Im Jahre 1956 wurde auch in einem Vorort Lissabons, in Estoril, den Ansprüchen der stetig wachsenden deutschen Bevölkerung mit der Eröffnung einer kleineren Schule entsprochen. Kindergarten und Grundschule richten ihre Curricula nach Lissabonner Bildungsinhalten aus. Ende der 50er Jahre wurden in Lissabon die ersten Abschlussprüfungen abgehalten und 1959 erstmals die Reifeprüfung.

Durch eine Reformbewegung in den 70er Jahren wurde die DSL eine bikulturelle Begegnungsschule für deutschsprachige und portugiesischsprachige Schüler mit der Gleichstellung des jeweiligen Jahresabschlusses und Schulabschlusses mit den Landesschulen.