A EAL é a escola alemã mais antiga da Península Ibérica e a terceira mais antiga das escolas alemãs estrangeiras em todo o mundo. Foi fundada em 1848 por um padre protestante da paróquia alemã de Lisboa, com o intuito de evitar o desaparecimento gradual da língua alemã na paróquia.

As aulas começaram no dia 1 de Agosto de 1848 com apenas seis crianças, leccionadas pelo professor Anton Hermann Röder, docente enviado da Alemanha.

De início a Escola tinha como público-alvo alunos alemães protestantes e católicos, mas num curto espaço de tempo, devido a questões financeiras, começaram a ser admitidos alunos portugueses. A partir do ano de 1895, a Escola já não se encontrava sob a tutela da paróquia protestante. A Direcção da Escola passou a ser ocupada por um filólogo protestante enviado da Alemanha, em vez do respectivo padre protestante.

A Escola foi afectada pelas consequências das duas Guerras Mundiais. Em 1916, data em que Portugal se declarou aliado das forças da Entente, a Escola foi forçada a encerrar e todos alemães foram obrigados a deixar o país.

Após a reabertura no ano de 1922, predominava na Escola um ambiente de métodos modernos de ensino, praticado por jovens professores formados nos tempos da primeira democracia alemã. Com a capitulação da Alemanha no final da Segunda Guerra Mundial, a Escola Alemã de Lisboa teve de fechar portas.

No dia 20 de Outubro de 1952, a EAL foi reaberta com 151 alunos, dos quais 96 não eram de nacionalidade alemã. Em 1956, nos arredores de Lisboa, no Estoril, as necessidades de uma população alemã, que estava a continuamente a aumentar, foram satisfeitas com a abertura de uma escola mais pequena. O Jardim de Infância e a Escola Primária adaptam os seus planos curriculares às orientações educativas de Lisboa. Nos finais dos anos 50 realizaram-se em Lisboa os primeiros exames de conclusão de curso e em 1959, pela primeira vez, os Exames Finais do Secundário (Reifeprüfung). Graças a um movimento reformista nos anos de 1970, a EAL tornou- se uma Escola de Encontro bicultural para alunos de língua alemã e de língua portuguesa com equiparação com as escolas do país anfitrião dos respectivos certificados finais de ano e de conclusão do ensino secundário.